谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析

作者:李任建申哲源李旭凯韩渊怀张宝俊

关键词: 谷子; NBS-LRR; 全基因组; 共线性; 进化; 表达分析;

摘要：对谷子NBS-LRR类家族成员进行鉴定,并对其染色体分布、基因结构、保守基序、系统进化及表达水平进行分析,为NBS-LRR类家族基因在谷子抗病分子育种中的应用奠定基础。结果表明,共获得NBS-LRR类家族基因411个,其中含CN（CC-NBS）结构的基因376个,含CNL（CC-NBS-LRR）结构的基因33个,含TIR（Toll interleukin-1 receptor）结构的基因1个,仅含NBS结构的基因1个。多数NBS-LRR类家族基因定位在8号染色体。在谷子中NBS结构域存在4段保守序列,且该家族在系统进化中被分为3类,基因结构多样,保守基序Motif1结构最保守。有23个谷子NBS-LRR类基因与狗尾草存在共线性,21个与水稻存在共线性,仅1个与拟南芥存在共线性,其中Seita.8G088500和Seita.8G088400被鉴定为水稻抗稻瘟病的高度同源基因。谷子与水稻、拟南芥的共线性基因的Ka/Ks值均小于1;与狗尾草的共线性基因中,Seita.6G014500、Seita.6G023500的Ka/Ks值均大于1。表达谱分析表明,在谷子根和穗中高表达的NBS-LRR类基因数目较多,叶次之,幼芽中最少,表明该家族基因可能在根及穗抗病过程中发挥重要作用。

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谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析

作者:李任建 申哲源 李旭凯 韩渊怀 张宝俊

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作者:李任建申哲源李旭凯韩渊怀张宝俊